一、原料

原材料是产品的物质来源，如果原料中的菌落总数超标，必会将微生物带入后序生产过程，使产品收到污染，导致产品质量下降，因此，原材料需要灭菌后，才能进行配料及后序加工工艺。

二、生产用水

饮料原水都是通过RO反渗透、石英砂、碳滤过滤等进行处理（处理之后有些原水细菌还存在超标现象）虽然在后工艺用臭氧或紫外线进行灭菌，但是臭氧、紫外线对细菌的控制范围及强度都是有限的，只有对原水进行全面杀菌才能保障后工序品质。

三、饮料设备灌装管道系统

由于饮料的设备管道、容器等使用占很大的一部分比例，如贮罐，输料管道，反应罐，混合罐等容器长时间使用，产生沉积物，非常容易滋生微生物，而且密封程度大，对消毒灭菌来说有一定的难度。饮料的灌装头也非常容易染菌，消毒一定要及时。

很多生产厂家清洗管道通常都使用片碱、二氧化氯等清洗剂、消毒剂进行管道的冲洗消毒，而且使用之后还需要用热水冲洗管道。

四、包装材料

通常有很多厂家对于空瓶瓶盖消毒是不够的，且很容易被疏忽，以为成品料进行很多道工艺进行了杀菌，瓶内无需杀菌，这导致饮料成品灌装后，细菌在瓶内迅速繁殖，出现涨瓶长霉斑等现象。

五、车间环境空气污染

饮料加工过程中，空气中的细菌可能会进入到饮料中(空气中漂浮的霉菌孢子造成二次污染）。因此，加工过程中，需对灌装取进行严格灭菌，以防止微生物进入，做好空间消毒工作。