普通食品使用的菌种的标签标示，建议按照《卫生部办公厅关于印发<可用于食品的菌种名单>的通知》（卫办监督发【2010】65号）标示具体的菌种名称。

婴幼儿食品使用菌种的标签标示，建议按照《关于公布可用于婴幼儿食品的菌种名单的公告》（卫生部公告2011年第25号）标示具体的菌株名称。

在食品生产加工过程中自然形成的非人为添加的菌种，不属于食品配料，无须在配料表中标示。

添加菌种的含量标示建议以10的6次方加单位的方式，即以“n×10^6 CFU/g”或“nx10^6 CFU/mL”的形式标示。

2022年8月，国家卫生健康委已发布《关于<可用于食品的菌种名单>和<可用于婴幼儿食品的菌种名单>更新的公告》（2022年第4号），该公告实施后，应按照相关食品安全国家标准和公告要求进行标示。