危害识别过程是为了识别被评价食品添加剂是否会引起生物、系统或（亚）人群发生不良作用，以及引起不良作用的类型和属性，是风险评估的第一步。危害识别基于对多种数据的分析，对于大多数有权威数据的食品添加剂，可以直接在综合分析世界卫生组织（WHO）、食品添加剂联合专家委员会（JECFA）、美国食品药品管理局（FDA）、美国环保署（EPA）、欧洲食品安全局（EFSA）等国际权威机构或部门最新的技术报告或述评的基础上进行。对于缺乏上述权威技术资料的食品添加剂，可根据在严格试验条件（如良好实验室操作规范等）下所获得的科学数据进行描述。但对于资料严重缺乏的少数我国特有的食品添加剂，可以视需要根据国际组织推荐的指南或我国相应标准开展毒理学研究工作。

危害识别主要包括三方面内容，一是毒代动力学研究，二是实验动物毒理学研究，三是人群观察研究。